2020年1月11日，美国纽约时报发表社论“困境中的FDA。如何改进 - 对新局长的工作建议”（The FDA Is in Trouble. Here's How to Fix It - Some New Year’s resolutions for the incoming boss），对FDA近年来的一些所作所为，提出了尖锐的批评。请注意，纽约时报只是一家民办报纸，社论非实证报道，只代表社论组几个人的意见，对错且不说，对FDA没有任何法律或行政上的约束。但鉴于纽约时报的刊文准则、综合资源和影响力（曾有位药品质量监管领域的FDA官员半开玩笑地说，他老板对纽约时报报道的关注要远胜于对其所辖职能部门发现质量问题的关注），读读这些批评意见，也许对全面了解FDA，有取舍地学习FDA，会有所帮助。
对FDA的批评主要集中在如下四方面：
FDA批药的标准一直在下降，批了很多临床安全性和有效性证据不足的药。两派意见争论激烈，一派认为批药要基于安全性和有效性证据，另一派认为只要满足最低安全性标准就行，上市后让患者自己选择是否用药（这是小布什总统任期内FDA局长Andrew von Eschenbach医学博士的一贯主张）。受政治和公众压力，FDA已经在沿着后一派主张的路走了。
