FDA 在指南中确认，在 FDA 对申办人在其产品上市申请中列出的生产设施的信息有疑虑但又因大流行而无法及时进行批准前检查（PAI）的情况下，FDA 通常会向申办人发出完全回应函（CRL）。另外，FDA 表示，如果缺乏足够的信息来决定设施是否是可接受的，那么 FDA 将推迟对申请采取措施，直至相关设施可以完成检查。
FDA 的这一方法已受到行业咨询机构的广泛批评。Greenleaf Health 公司的合规高级副总裁 Kalah Auchincloss 在最近的网络研讨会上指出，“FDA 说我们要给你一封完全回应函而不是 PAI ，因为我们无法到达你的工厂，这是不合理的。我们必须找到一种更好的方法来解决这一问题。”行业律师和顾问们也进行了非常多的讨论，希望 FDA 能够找到方法，免除检查或改用远程监督检查来指导监管审评决策。但是 FDA 对此一直持保守态度，认为如果检查员不到现场，就不算是检查。【因为疫情警告信不能关闭怎么办？2020/07/03】
FDA 在指南第 6 问中向申请人保证，当 FDA 无法检查申请人的设施时，并不会“自动”发送 CRL。FDA 将根据“整体可用信息”做出此类决定。指南表示，这些信息可包括合规历史、通过互认和保密协议从可信赖的外国监管合作伙伴处获得的信息，以及在检查之前或代替检查而索要的记录。这与指南发布之前 FDA 官员在各种场合的表达是一致的。
FDA 鼓励申请人确保其设施了解及时回复 FDA 各种问询的重要性，这些问询可以有助于 FDA 对申请的审评。指南表示，FDA 药品和生物制品中心都“在决策过程中策略性地采用了整体方法”用来决定他们是否以其它方式获得了足够的信息，从而可以避免检查。
FDA 还为大流行期间批准后生产变更提供了指导。最重要的是，当公司对于短缺药品或 COVID-19 治疗产品需要增加或变更生产场地时，FDA 将加快审批流程。在这种情况下，申报资料的封面函应明确说明“要求进行优先审评”。另外，如果存在药品短缺或有药品短缺的风险，公司应提醒药品短缺工作人员。FDA 将同意允许公司使用比通常要求的报告类别更低的补充申请报告类别。申请人应提供理由、支持信息和风险降低方法。申请人还应在提交更低报告类别的补充申请之前联系 FDA 以征询意见并获得 FDA 的同意。
