对于该指南，临床医生和研究人员表示担心 FDA 过分强调了在儿科人群中外推成人数据的作用。美国儿科学会（AAP）在对指南草案的反馈意见中表示，该指南草案可能给人一种“如果一种产品已被证明对成人有效，就没有必要对儿童进行评估的印象。”虽然外推是一个重要的工具，但指南草案中的“框架”并未解决仅在成人中测试的药物可能导致的不良反应和长期问题。“该指南应阐明，儿科领域经常存在的重要科学问题可以通过儿科研究加以解决。”
2022 年，LLS 启动了小儿急性白血病（PedAL）主临床试验，以成人研究的成功为基础。研究表明，儿科 AML 在分子水平上的功能与成人 AML 不同。“LLS 敦促 FDA 在指南中加入语言，认识到许多儿童疾病中存在的分子差异，因为像 AML 这样的儿科疾病通常必须被视为与成人疾病完全不同的疾病，在评估直接获益的前景和权衡试验设计中的科学必要性原则时，应考虑这些差异。”
美国药物研究与制药商协会（PhRMA）要求 FDA 提供有关如何实施指南的更多细节。PhRMA 还要求 FDA 提供在成人试验中平衡公平选择与风险最小化的具体示例。
生物技术创新组织 (BIO) 还呼吁 FDA 提供更多有关将青少年纳入临床试验的伦理考虑的信息，并指出在某些疾病背景下青少年在生理上可能与成年人在疾病的基因型或表型表达上存在有限差异或没有差异。“当科学支持将青少年纳入成人研究时，围绕伦理考虑的语言可能有助于潜在地为更多患者带来治疗。”
由美国国立卫生研究院管理的儿科试验网络引起了人们的担忧，即该指南草案会将以前被认为风险最小的程序分类为仅需要单亲同意的程序，作为相对于最小风险的轻微增加，需要两位父母同意。“父母双方的同意对入学产生了重大影响；因此，方法的改变可能会对成功进行儿科临床试验的能力产生深远影响，”儿科试验网络主席 Danny Benjamin 写道。
AAP 呼吁 FDA 提供更多关于同意过程的信息，IRB 可以使用这些信息来确定儿童是否有能力同意参与临床试验。“至少，指南草案应该提供一些基本指导，说明如何评估儿童同意参与研究的能力，并描述应如何征求和记录同意。对于某些儿童群体，例如寄养或亲属照顾的儿童，同意过程可能特别具有挑战性，特别注意这些问题对于确保将这些儿童纳入临床研究具有特殊价值。”
