FDA 指出，“寡核苷酸药物给非临床安全性评价带来了独特的挑战。尽管目前针对小分子药物和治疗性蛋白质的指南可能提到了寡核苷酸药物，但本指南提供了针对寡核苷酸药物非临床评价的详细建议，这些建议是基于 FDA 到目前为止对此类产品的经验而制定的。这些建议针对的是不同于小分子药物和治疗性蛋白质的寡核苷酸药物特征。”
指南具体概述了 FDA 对单链或双链寡核苷酸的想法。这些寡核苷酸可能是合成的或天然衍生的，具有天然或经过修饰的主链或核苷结构，可增加或减少蛋白质的表达和/或功能。
需要考虑的另一个一般安全评估是脱靶杂交依赖性效应。“鉴于寡核苷酸药物能够形成沃森-克里克-富兰克林碱基对，它们有可能与非靶向 RNA 或 DNA 序列结合，这些序列与寡核苷酸药物中存在的碱基序列具有部分或完全互补性，这可能导致人体产生毒理学研究中可能无法检测到的不良影响，因此，应使用适当的计算机模拟和体外方法对寡核苷酸药物进行序列依赖性脱靶评估，以确定潜在的脱靶杂交。”
FDA 列出了进行序列依赖性脱靶评估时需要考虑的几个因素，例如寡核苷酸药物的风险因素和敏感性、寡核苷酸药物的元素及其预测的代谢物、与转录组和核和线粒体基因组的潜在杂交等等。
